Bischof Hanke hat neue Strukturen im Bistum Eichstätt in Kraft gesetzt. Ziel ist, die Verwaltung effizienter und transparenter zu machen. Dinge wie der Finanzskandal sollen sich nicht wiederholen können. Beispielsweise wurde eine Ombudsstelle eingerichtet, an die sich Verantwortungsträger wenden können, wenn ihnen Missstände auffallen. Außerdem hat Hanke das zentrale Leitungsorgan des Bistums umstrukturiert und manche Stellen entlastet. Eine klare Trennung von Entscheidungs- und Kontrollinstanzen soll so stattfinden. Die Anpassungen der Strukturen sind kein Ergebnis des Finanzskandals, schon vor Bekanntwerden wurde an dem Konzept gearbeitet.